Michael es el segundo hijo de Aldo Burrows (Anthony Denison) y Christina Rose Scofield. Tiene un sólo hermano, Lincoln Burrows (Dominic Purcell). Después de que su padre abandone a la familia, Michael adoptará el apellido de soltera de su madre. Por haber perdido a ambos padres Michael pasó su infancia bajo el ciudado de su hermano. Por ser huérfano toda su vida la vivió en adopción, pero nunca tuvo un hogar estable, ya que Lincoln siempre se metía en problemas.


Pero, Michael siempre fue un buen estudiante. Terminó con un expediente impecable sus estudios en el Instituto Morton East de Toledo (Ohio). Se licenció como Magna Cum Laude en Ciencias e hizo un Máster en Ingeniería Estructural por la Universidad de Loyola en Chicago. Después de esto, empezó a trabajar como ingeniero de estructuras en la firma Middleton, Maxwell y Schaum en el centro de Chicago. Esta inteligencia que le convierte en casi un genio es debido al trastorno físico y psicológico que Michael padece a causa de los abusos que recibía de uno de sus padres adoptivos. Michael era encerrado en la oscuridad lo que le ayudó a desarrollar la visión espacial; psicológicamente esto repercutió en el desarrollo del complejo de superhéroe. Acudió a un psicologo durante su adolescencia, que le diagnosticó "baja inhibicion latente". Esto, combinado con una alta inteligencia y buena memoria conduce a una creatividad excepcional.


En el decimo-sexto episodio de la primera temporada "Brother's Keeper", se revela la relación de Michael con su hermano, tres años antes de que Lincoln fuese encarcelado en Fox River y la razón de por qué Michael arriesgó su vida para salvar la de su hermano.


El personaje de Michael es el único junto al de Lincoln que han aparecido en todos los 44 capítulos de la serie. Michael siente un lazo de amor muy fuerte por su hermano y por eso sacrifica todo, su carrera, su vida, todo para salvar la vida de su único hermano Lincoln. Burrows es condenado a muerte y encerrado en la Penitenciaria Estatal Fox River, por un delíto que no cometió, fruto de la conspiración de La Compañía.


Confiando y teniendo fe en la palabra y en la inocencia de su hermano. Michael elabora un plan de fuga de la prisión. Casualmente la reforma de la Penitenciaría de Fox River fue trabajada directamente por la empresa en la que Michael trabaja y teniendo los planos de la prisión Michael comienza a elaborar su plan de escape.


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